MotionBuilder 2012 では新たに Maya で採用されている Qt ベース GUI が採用され、各種ウィンドウのレイアウト変更が可能になりました。大きな改良点として Characterization Tool が強化され、キャラクターにマッピングしているボーンの位置確認がしやすくなりました。こちらは Mayaと UI が統一化されワンステップデータ連携時にも同じ操作性で作業をすすめることが可能になります。