ワークスペースのリセット

ワークスペースとして扱われているウインドウであれば、ワークスペースをリセットすることで位置をリセットできます。例えばハイパーシェードやスクリプトエディタなどはリセット可能です。

メニューから次を選ぶとリセットできます。
「Windows > Workspaces > Reset ○○ to Factory Default」

ただしワークスペースのリセットは、UIのレイアウト自体をリセットするため、ウインドウが非表示に戻ったりします。たくさんウインドウを出して作業している場合は、また出しなおさないといけません。

スクリプトでリセット

スクリプトエディタが見えているなら、次のスクリプトを実行することで大抵のウインドウを左上に持ってくることが出来ます。

ポイントとしては、lsUIコマンドでしょうか。
lsUIコマンドを使うとUIのリストを取ることが出来ます。
かなり大雑把ですが、コントロールすべてのフルパスから親の名前を見つけて、親がウインドウであれば位置を0, 0の場所に持ってきます。

$controls = `lsUI -controls`;
for ( $ctrl in $controls ){
    string $fullName = `control -q -fullPathName $ctrl`;
    string $buffer[];
    tokenize $fullName "|" $buffer;
    if ( size($buffer) >= 2 ){
        string $win = $buffer[0];
        if ( `window -q -ex $win`){
            if ( $win == "MayaWindow"){ continue; } // メインウインドウは飛ばす。
            if ( $win == "scriptEditorPanel1Window" ){ continue; }// これを実行しているということは、スクリプトエディタは無事なはず。

            $topLeft = `window -q -topLeftCorner $win`;
            if ( $topLeft[0] == 0 && $topLeft[1] == 0 ) { continue; } // 既にリセット済み。

            window -e -topLeftCorner 0 0 $win;
            print ( "Reset Window Position: " + $win + "\n");
        }
    }
}

実行すると次のように、すべて左上に寄せられます。（ただしメインウインドウとスクリプトエディタの位置は変えません。）

この方法は、既に存在しているUIに有効です。
まだ作成されていないUIには効かないため、完全にすべてのUIでリセットするには、プリファレンスのファイルごとリセットします。

プリファレンスのファイルごとリセット

プリファレンスを丸ごと削除して、新しく作り直せばウインドウの位置がリセットされます。
でもそれだとホットキーなどもリセットされてしまいます。

幸いウインドウのプリファレンスは独立していますので、ウインドウのプリファレンスだけを削除して、位置を完全にリセットできます！

具体的には、プリファレンスのフォルダにある windowPrefs.mel と workspace フォルダを削除して起動するだけです。

それぞれ次のフォルダ内にあります。
（英語UI）　C:\Users\<ユーザ名>\Documents\maya\20##\prefs
（日本語UI）C:\Users\<ユーザ名>\Documents\maya\20##\ja_JP\prefs

windowPrefs.mel の中身はこんな感じになっています。
windowPrefコマンドで、対象のウインドウの位置をメモリに設定しています。

windowPrefs.melには、一般的なウインドウの位置や大きさが記録されています。（自作のウインドウの位置と大きさもここに保存されます。）
ウインドウをピンポイントでリセットしたい場合は、対象のウインドウのコマンドを削除します。

workspaceフォルダには、ワークスペースとして管理されているUIの設定が記録されます。
Maya起動時には、windowPrefs.mel に書かれているウインドウの設定よりも優先して、workspaceフォルダの設定が使われます。そのため windowPrefs.mel と workspace フォルダの両方を削除しておくと確実です。

ちなみに、windowコマンドでウインドウを作った後、-wやら-hやら効かないことはないでしょうか。ウインドウを作ると設定がメモリに載ります。このメモリにはwindowPrefコマンドでアクセスできます（ウインドウと同名でメモリが用意されます）。
ウインドウを作る前にwindowPrefを削除すると、windowコマンドの-wや-hがしっかり効くようになります。例えば次の様に実行します。

if ( `windowPref -q -ex "testUI"` ){
    windowPref -r "testUI";
}
window -w 100 -h 100 "testUI";
showWindow;

実行するとウインドウが表示されます。
普通はサイズや位置を変えると、次回起動する時も最後の位置や大きさで出てきます。
上のコードであれば毎回メモリ上の設定をリセットしますので、毎回同じ大きさで作られます。（位置もリセットされますが…）

まとめ

Mayaはウインドウの位置などプリファレンスがわかりやすい形で保存されていますので、こんな風に簡単にリセットすることが出来ます。

プリファレンスフォルダ内には、他にも様々な設定が保存されていますので、開いて見てみると面白いです。

プリファレンスを複製しておけば、中身を変えても後で戻せますので、色々といじってみて動作を変えてみてください。何がどこで使われているかわかるようになると、Mayaがおかしくなった時に原因究明しやすくなりますし、復旧も速く行えるようになりますよ。